中国水产科学研究院南海水产研究所深圳试验基地成立于1979年，原址在盐田区。2004年，基地搬迁重建至大鹏新区南澳街道大碓村83号。基地陆地面积129亩，科研开放养殖海域200亩。2006至2007年，先后建设了“农业农村部斑节对虾遗传育种中心”和“农业农村部南海渔业资源环境科学观测实验站”。2014年，被全国水产原种和良种审定委员会评为省级增殖站，具备增殖放流苗种供应资格。
深圳基地充分利用人才优势和基地设施优势，不断推进与科研院所（校）的交流与合作，建设了生物类专业集课程实习、专业实习、毕业实习、毕业论文和大学生科技创新活动于一体的大学生实践实习基地，形成了特色鲜明的实践教育模式和基地共享机制。2017年，深圳基地入选广东省第一批“星创天地”，先后被授予“广东省大学生实践教学基地”；2018 年，深圳基地被评为深圳市大鹏新区首批“学生社会实践基地”。在与科研机构和企业进行多方位学术交流与科研合作中，显示了基地对外交流窗口和运作平台的作用。
